Футбольный клуб Морейренсе был основан в 1938 году. Впервые команда вышла во второй дивизион в 1995 году, вернулась туда через шесть лет и сразу же поднялась в высший дивизион благодаря успехам под руководством Мануэля Машадо, который привел команду к двум подряд чемпионским титулам. С 2002 по 2004 годы Морейренсе дважды занимал места в середине таблицы высшего дивизиона, достигнув лучшего результата — девятого места — в сезоне 2003/04. После ухода Машадо в соседний Виторию де Гимарайнш, клуб дважды подряд вылетал из высшего дивизиона, вернувшись во второй дивизион в 2010 году, а затем в высший — в 2012 году.
